如果从外面街景来看，人们在海港漫步的同时，就可以看到博物馆内的活动和展览。而从博物馆内的每一层看出去，透过大面积的玻璃外墙，参观者们也会对海港及水前区港道（Fort Point Channel）有一个连贯的认知。从博物馆所在地，通过水上的士可以将陆地活动与外围广袤水域相连接。博物馆的外部也是一样，清除沥青并将博物馆与港湾步行道之间的路面整平，与水相连的直观感觉就此建立。天气好的时候，打开两个双向折叠的机库式大门，参观者们就可以同时欣赏或参与室内外的活动和表演。这两扇双向折叠的大门直接面朝港道打开，同时它们也是前往自由区域大厅的通道。在那里，可以让普通大众也有机会欣赏博物馆自排的管弦乐。作为该博物馆标志的“大奶瓶”经过刷新和些许修整后，目前被显著地安置在靠近大门的户外就餐区。
一个23,000平方英尺，由金属和玻璃搭建成的扩充建筑被设计成一个简单的，几何状电枢，并通过顺着建筑脊柱延展开的玻璃桥梁将原有的三层建筑连接起来。令整个博物馆更加充满活力，同时，这个扩充建筑也成为了博物馆新的正门。良好的开放性及透明度使得博物馆内那些原本隐藏在厚重水泥砖墙后的节目所展现的能量和激情充分展现在世人眼前，也让周边美丽动感的海滨风光一览无遗。
波士顿儿童博物馆被视为一座现代“儿童仓库”。其外部的凸出的部分（令人联想起仓库的“容器”）是由木头制成——一种温暖，令人倍感熟悉的材料，并且以明亮的绿色斑点加以强调装饰。在巨大的玻璃外墙上错落有致地装饰了一些绿色和黄色的长方形色带，对应色带的玻璃墙外还装有带圆孔的金属板，这样就能使落日余晖透过金属板上的圆孔，将不同颜色的光投射进博物馆内。
